Fauna

La avifauna es la mayor riqueza biológica del Parque. Sin embargo, también hay especies de fauna íctica muy interesantes, como la anguila, el mújol y, sobre todo, el fartet (Aphanius iberus), un ciprinodóntido endémico del mediterráneo español. La lagartija colirroja (Acanthodactylus erythurus) es la especie más abundante entre los reptiles, mientras que el camarón de agua dulce (Paleomonetes zariquieyi), crustáceo endémico, también resulta numerosa.
 
La abundancia y diversidad de aves del Parque ha permitido catalogarlo como humedal de importancia internacional. Concretamente está incluido en el convenio RAMSAR de protección de zonas húmedas y en la directiva ZEPAs (zona de especial protección para las aves) de la Unión Europea.
 
Entre las muchas especies presentes en el parque, destacan especialmente, la cerceta pardilla (Marmaronetta angustirrostris) y la malvasía cabeciblanca (Oxyura leucocephala). La primera de ellas tiene en El Fondo su principal punto de cría de toda la península, no encontrándose en ningún otro punto del continente. La malvasía también presenta en el parque uno de los núcleos principales de población a nivel mundial.
 
Otras aves que destacan durante la época de nidificación son las colonias de garzas, entre las cuales aparecen especies muy escasas como la garza imperial (Ardea purpurea), el martinete (Nycticorax nycticorax) y especialmente la garcilla cangrejera (Ardeola ralloides).
 
Entre las anátidas nidificantes resaltar por su abundancia el pato colorado (Netta rufina) y el porrón común (Aythya ferina). También anida el tarro blanco (Tadorna tadorna), especie difícil de encontrar.
 
En aguas poco profundas es posible ver colonias de aves limícolas, como la avoceta (Recuvirostra avosetta), la cigüeñuela (Himantopus himantopus) y la canastera (Glareola pranticola), que tiene en el parque, junto al Prat de Cabanes los dos únicos puntos de cría en la Comunidad Valenciana.
 
En la temporada invernal se alcanzan las mayores concentraciones de aves, destacando algunas especies como el pato cuchara (Anas clypeata), el porrón común o la focha (Fulica atra) llegándose a superar los 30.000 ejemplares.
 
Otras especies  que pueden verse en el parque son: el aguilucho lagunero (Circus aeruginosus), el águila pescadora (Pandion haliaetus) y los esquivos bigotudo (Panurus biarmicus), pájaro moscón (Remiz pendulinus) o carricerín real (Acrocephalus melanopogon), todas ellas amenazadas por la desaparición y degradación de los ecosistemas palustres.